生体調節学 久原 篤 研究室
University(所属機関関連)
甲南大学 理工学部 生物学科
IASO化学物質管理(甲南大)
情報システム室(甲南大)
情報教育センター(甲南大)
図書館(色々ディスカバリ:ディスカバリにチェック入れ論文検索)
Lab内板
Biology
濃度計算(モル濃度)
TM値(プライマー)
バイオ研究MegaLink
分子生物学研究用ツール集
BioToolKit
Ape(plasmid map作製など)
dCAPS Finder（ミスマッチプライマー作製)
Crisper guid RNA selection tool（線虫CRISPR/Cas9 gRNA作製)
Primer Design Tool for InFusion(Infusionプライマー作製(右上:操作説明ボタン))
NEBuilder Assembly Tool(NEBuilderプライマー作製(下:SetPreferencesとBuildConstructから)
BD fluorescence spectrum viewer (蛍光フィルター類の組合せ確認)
蛍光タンパク質一覧
MicroscopyU (顕微鏡やフィルター説明)
AlphaFold Protein Structure Database (アルファホールド)
AlphaFold2 (アルファホールド2 アミノ酸配列から構造予測)
AlphaFold3 (アルファホールド3 各自のGoogleアカウントでログインする)
pdf(AlphaFold3使い方)
RNAの構造予測 mxfold2
Dictionaly(辞書や翻訳など)
DeepL(翻訳サイト)
Weblio(英語メールの例文や英語辞書)
Springer Exemplar(専門用語 使用例集）
ライフサイエンス辞書(生物専門用語 発音音声有り）
英辞朗Pro (ats...., c.....2)
Metamorph(メタモルフマニュアル)
メタモルフマニュアル
メニューが分かっていればメニューから。分からない場合は逆引き(目的より調べる)が便利
C. elegans
虫の集い
Caenorhabditis Genetics Center (CGC)
Wormbuilder（GFPインテグレーション系統など）
Wormbook
neuron map
wormwiring
CeNGEN project App
WORMSEQ (Single-cell transcriptional atlas of adult C. elegans)
C. elegans embryogenesis single cell data explorer
Neural Signal Propagation Atlas (Web Apli)
Neural Signal Propagation Atlas (pptx file)
JBrowse Kuhara Lab (ko..., CB..4..4)
BLAST search for C. elegans genome
■Wormbase
Wormbase (CSHL)
C. elegans Genome Project WWW Site(Sanger Centre, UK)
The Genome Sequencing Center (Washington University, USA)
SNP data
■Oligo design
Sanger Institute
Gene Knockout Consortium
dCAPS Finder（ミスマッチプライマー作製)
Crisper guid RNA selection tool（線虫CRISPR/Cas9 gRNA作製)
■その他
遺伝子名をWormIDに変換(✓をIDのみで使い、遺伝子名とIDをExcelに貼り付け、not foundなどのエラーを消す)
C. briggsae
■Genome Project
Sanger Institute
Washington University
BLAST
Biological Tools
■Homology Search
BLAST
NCBI
DDBJ
GenomeNet
・ch.EMBnet.org (basic and advanced)
PSI-BLAST
NCBI
DDBJ
PHI-BLAST
NCBI WU-BLAST2
EMBL-EBI
EMBL
Pasteur
FASTA
DDBJ
GenomeNet
EMBL-EBI
■Multiple Alignment
ClastalW
DDBJ
GenomeNet
ch.EMBnet.org
EMBL-EBI
BOXSHADE
ch.EMBnet.org
ISREC
■Primer Picking
Primer3
Whithead Institute/MIT
Northwestern University
Aceprimer
Database
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
GenomeNet
ch.EMBnet.org
EMBL-EBI
Pasteur Institute
VectorBD
On-line Journals
Entrez-PubMed
Connected Papers(文献検索)
Nature
Science
Cell
Neuron
Journal of Neuroscience
Learning & Memory
EMBO Press
Genetics
Journal of Biological Chemistry
PNAS
Development
Journal of Cell Biology
Annual Reviews
Genes & Developement
Nature Neuroscience
Current Biology
PLoS Biology
PLoS Genetics
PLoS Computational Biology
Japanease Journals
Others
■その他
伝助（スケジュール調整)
調整さん（スケジュール調整)(ID: a...., PW: ....n)
いらすとや
科学者とあたま 寺田寅彦 昭和8年